V bludišti světa
Tvorba tohoto období vznikla vlivem osobních tísnivých dojmů, ale i z kritického pohledu na soudobý stav společnosti.
Labyrint světa a ráj srdce
Vrcholné dílo tohoto období.
Alegorické vyprávění, líčí zážitky poutníka, v němž Komenský zosobnil sebe. Po boku průvodců prochází Městem - světem. Ve všech prostředích, situacích a vrstvách nalézá hlavně zlo. Všude panuje hřích, zlořád, násilí, pokrytectví a lež. Je to město hříchu. V zoufalství nad ubohým stavem lidské společnosti chce prchnout ze světa. Na výzvu boží se pak uzavírá v ráji svého srdce - v samotě a náboženském rozjímání.
K druhé části spisu, Ráji srdce, má blízko jiné dílo Komenského, filozoficko-náboženské pojednání Hlubina bezpečnosti (Centrum securitatis). Čím více se člověk vzdaluje od středu jistoty, Boha, tím více propadá zmatkům a točí se v bludném kruhu.